Новые данные из Южной Африки показывают, что число госпитализаций с новым штаммом коронавируса под названием «омикрон» пугающе велико. Видимо, этот вариант SARS-CoV-2 будет намного активнее заражать переболевших и вакцинированных — почти так же часто, как невакцинированных (ни чаще их убивать). Naked Science прогнозирует, что нас всех ждет в ближайшем будущем и что будет представлять собой «омикрон»-эпидемия в России
Второй южноафриканский В этом ноябре в ЮАР (провинция Гаутенг) начался резкий всплеск заболеваемости Covid-19. При этом тесты на новых пациентах часто «сбоили», хотя симптомы коронавируса у этих людей безусловно были. К 14-16 ноября южноафриканские специалисты собрали образцы вируса и прочитали их геном. Оказалось, перед ними нечто, мало похожее на «дельту» — коронавирус, произошедший от исходного «уханьца». Если сама «дельта», все еще бушующая в России, имела только 13 мутаций, отличающих ее от китайского «уханьца», то у «омикрона» их уже 60: 32 затрагивают S-белок. Именно из него состоит оболочка вируса, и на него реагируют антитела организма. Даже из числа мутаций было ясно, что новый штамм имеет хорошие шансы обойти иммунную защиту. Менее ясно было другое: почему остальные варианты коронавируса мутировали медленно — всего 13 мутаций за полтора года пандемии у той же «дельты», а этот — так быстро. Наиболее вероятный ответ прост: в ЮАР много не только больных ВИЧ, а ВИЧ-диссидентов и «пофигистов», имеющих ВИЧ, но не компенсирующих его лекарственной терапией. У таких людей развивается иммунодефицит, так как ВИЧ убивает их иммунные клетки. В итоге они могут болеть Covid-19 долго, месяцы подряд. За месяцы отбора под действием частично работающего человеческого иммунитета коронавирус способен выработать намного больше мутаций, чем за считаные недели существования в организме обычного больного. 
Исследовательский центр Ндлову, Южная Африка. Работники центра занимаются считыванием генетической последовательности одного из образцов с новым вариантом коронавируса / ©Wikimedia Commons Массовый ВИЧ в ЮАР в обозримом будущем неистребим — из-за специфического отношения некоторых местных жителей к здоровью. Впрочем, то же самое можно сказать о России и коронавирусе. Поэтому «омикрон» может быть не последним сюрпризом Черного континента. Вообще, это уже второй «непростой» штамм SARS-CoV-2 из Южной Африки. Первым была «бета», обходившая иммунную защиту лучше дельта-штамма. Последний вытеснил ее только за счет большей трансмиссивности. Новый южноафриканский гость и по трансмиссивности обходит всех известных конкурентов. Попробуем разобраться, что известно о нем на сегодня — и что неизвестно. Коронавирус в варианте стелс и потенциал для сверхбыстрого распространения У нового штамма есть два варианта: BA.1/B.1.1.529.1 и BA.2/B.1.1.529.2. Второй чрезвычайно плохо обнаруживается (если вообще обнаруживается) ПЦР-тестами существующих типов. За это его и назвали «омикрон-стелс». Почему это важно — понять несложно. Быстро распространяющаяся болезнь в первые дни может быть похожа на обычный ОРВИ: сухой кашель, насморк, усталость. Характерные грозные признаки типа одышки и пневмонии появляются чуть позже. Типичные для дельта-штамма симптомы поражения желудочно-кишечного тракта не появляются у нового штамма вообще. Пропажа обоняния достаточно редка. В таких условиях ПЦР — почти единственное средство быстрой диагностики. Поскольку один из новых подвариантов коронавируса им не выявляется, следовательно, постоянно озвучиваемые в прессе числа коронавирусных больных не вполне точны. Значительная их часть ходит среди нас незамеченными. 
Скорость распространения омикрон-штамма в Южной Африке. За четыре недели он вытеснил дельта-штамм практически полностью / ©OurWorldInData Это может дополнительно ускорить и без того необычайно быстрое распространение «омикрона». Согласно последним данным из Великобритании, число больных им растет на 35% в сутки. Кроме того, он повторно заражает переболевших в несколько раз чаще, чем более ранние штаммы. Исходя из этого, он догонит «дельту» по числу заразившихся жителей Туманного Альбиона через неделю. А затем и обгонит. Нет сомнений, что сходная траектория ждет его в России. Вопрос не в том, будет у нас вспышка «омикрона» или нет. Она обязательно будет: ведь мы вакцинированы намного хуже британцев. Вопрос только в том, когда она случится: в начале января 2022-го или уже в конце этого декабря. Насколько «омикрон» обходит иммунитет? Эпидемия началась в стране Черной Африки, поэтому достоверно понять ситуацию в самом ее эпицентре невозможно. В африканских государствах не так много ученых, которые могли бы быстро провести нужные исследования. Однако есть же страны, где с учеными все отлично. Поэтому мы знаем, что в Соединенных Штатах из 43 выявленных больных с «омикроном» 79% были полностью вакцинированы, а еще 30,2% из них — и ревакцинированы; 14% ранее перенесли другие штаммы коронавируса. Известно, что 60% американцев полностью привиты, почти 16% — сделали третьи прививки. Доля вакцинированных и ревакцинированных в этом исследовании среди заболевших заметно выше, чем по популяции в целом, но это не значит, разумеется, что прививка «помогает» заболеть. Высокая доля вакцинированных среди этих 43 заболевших — простое следствие малой выборки. Лабораторные исследования в Германии, ЮАР и США показали, что плазма крови привитых и переболевших может нейтрализовать коронавирус. Вот только она делает это при разведении в 40 раз хуже, чем в случае старых штаммов. А это уже означает, что «омикрон» хотя и нейтрализуется антителами, справляющимися с SARS-CoV-2, но радикально слабее, чем прежние варианты. 
И тем не менее, даже в условиях малой эффективности имеющихся вакцин, ревакцинация имеет большое значение. Лучше заразиться и переболеть, чем заразиться и умереть / ©Wikimedia Commons Это же подтверждают первые попытки оценить уровень защиты от него для привитых вакциной Pfizer: простые получатели двух доз имеют защиту явно ниже 50%, и только те, кто ревакцинирован (получил более трех доз суммарно), защищен получше. Но, судя по всему, тоже далеко не на 80%, как было у Pfizer с «дельтой». Да, «Спутник» или Moderna защищают от Covid-19 заметно лучше Pfizer, и еще больше этот разрыв, если речь идет о смерти от инфекции. Данных по защите «Спутника» и Moderna от «омикрона» пока нет, и она может быть несколько лучше. Но ясно: и для них уровень защиты будет заметно ниже, чем 80-90% защиты от «дельты». Вывод: если вы привиты, стоит ревакцинироваться. Особенно если у вас низкий уровень антител. Как уже не раз писал Naked Science, клеточный иммунитет от коронавирусапомогает не блестяще. Но стоит четко понимать: даже у ревакцинированных не более двух месяцев назад шансы не заразиться омикрон-штаммом есть — и значительные. Кстати, молодость и отсутствие хронических заболеваний теперь тоже не помогают. Свежий препринт южноафриканских исследователей показывает заражение семи приезжих немцев средним возрастом в 27 лет, причем все они недавно сделали третью прививку. Несмотря на это, через неделю заболевания у троих есть признаки поражения легких. Обычно ковидная пневмония не затрагивает людей с недавней ревакцинацией. Точнее будет сказать: раньше не затрагивала, в эпоху до омикрон-штамма. Правда ли, что в случае «омикрона» болезнь протекает легко? Недавно СМИ широко цитировали вирусолога Константина Чумакова, работающего в Управлении по надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA)в США, и рассказывающего, что «Омикрон-штамм может быть живой вакциной, созданной природой». Суть экзотической идеи Чумакова — а на самом деле не его, поскольку эту же мысль много раз повторяли за рубежом и до него — проста. У «омикрона», судя по данным из ЮАР, низкая смертность. Состояние госпитализированных с ним реже ухудшается до такого, когда нужен кислород. При этом переболевшие им получат иммунитет, а значит, будут «вакцинированы». Причем если для обычных вакцин антивакцинаторы — крепкий орешек, то «омикрон» доберется до них до всех в ближайшие месяцы. Ведь его трансмиссивность, судя по всему (на графике выше), еще выше, чем у «дельты», то есть он распространяется мгновенно, подобно степному пожару. 
Официальная частота коронавирусных смертей в ЮАР / ©OurWorldInData Это благостная картина, но есть ряд причин, которые не позволяют в нее поверить. Взгляните на графики выше и ниже этого абзаца: на верхнем официальная коронавирусная смертность в ЮАР, а на втором — избыточная смертность в ЮАР. Прекрасно видно, что формы графиков в общем похожи. Но вот число избыточных смертей кратно выше числа «официальных» смертей от коронавируса в этой страны. Иными словами, ЮАР — это почти как Россия, только хуже: государство, где система здравоохранения вообще «не видит» большинство жертв коронавируса. Одно это заставляет быть, мягко говоря, осторожным в отношении любых южноафриканских оценок в стиле «а от омикрона смертность ниже». 
Избыточная смертность в ЮАР в процентах превышения нормы / ©OurWorldInData О чем точно стоит забыть, так это о гуляющем по прессе мифе «от омикрона нет смертей». 29 ноября — 10 декабря 2021 года в ЮАР уже доминировал «омикрон», на него приходилось 95% всех выявленных случаев заболеваний. Между тем, даже заниженная официальная смертность от коронавируса из этой страны (на графике ниже) не показывает никакого резкого спада. Есть колебания вверх и вниз, но они не дают устойчивого тренда. Цифры с графика свидетельствуют: «омикрон» убивает, 5% не связанных с ним штаммов просто не смогли бы дать показанную смертность. Может, «омикрон» и снижает смертность в сравнении с «дельтой», но пока никаких твердых данных на этот счет нет. В ЮАР, судя по встречаемости антител к коронавирусу, переболело или вакцинировано более 80% населения (и есть оценки выше 85%). Как мы отметили выше, «омикрон» довольно легко заражает и переболевших, и вакцинированных. Однако, если исходить из базовой биологии, антитела таких людей могут бороться с новым штаммом. Недостаточно, чтобы предотвратить заражение, но достаточно, чтобы снижать тяжесть течения болезни и смертность. 
Вверху: количество новых случаев коронавирусных заболеваний для ЮАР на миллион жителей. Внизу: количество коронавирусных смертей смертей в ЮАР на миллион жителей / ©OurWorldInData За пределами ЮАР не так много стран, где недавно переболевших и вакцинированных более 80%. То есть вне ЮАР новый вирус может убивать куда чаще, чем внутри нее. Вдобавок и медианный возраст жителей этой страны — жалкие 27,6 лет. Медианный возраст в, например, России выше в полтора раза. Чем выше возраст, тем выше уязвимость человека к коронавирусу. И вот еще что: от «дельты» умирало примерно 2% зараженных (если не брать, конечно, вакцинированных и переболевших до того). Это в два раза выше, чем у базового коронавируса. «Омикрон» ведет свою генеалогию не от «дельты», и вполне может быть, что его смертность как у базового коронавируса, всего 1%. На фоне «дельты» это немного — но это никак не «живая вакцина». Это все еще весьма опасная болезнь. Еще раз взглянем на график: даже в декабре не менее 0,6% процентов выявленных заболевших коронавирусом в ЮАР умирали. Да, это сильно ниже, чем было. Но это сравнимо с летальностью «уханьца» — 1,0%. Вывод: идеи Чумакова и других работающих на западе ученых на тему «омикрон» нас спасет» — это, пока, благие пожелания. В наблюдаемой реальности на сегодня нет цифр, которые бы эти пожелания подтверждали. «Спутник» от «омикрона» уже создан, но вы не получите его раньше конца зимней вспышки «омикрона» в России Совершенно точно можно сказать, что нынешние вакцины придется менять. Да, Moderna или неадаптированный под новый штамм «Спутник» в первые пару месяцев после вакцинации могут обеспечить защиту в 50-70% (а могут и не обеспечить). Но даже если эти цифры удастся достичь, они не будут удовлетворительными. Защиту в 50-70% дают и вакцины от гриппа — но грипп от этого не перестает убивать людей. Нормальная защита от Covid-19 — это как у «Спутника» в Венгрии, когда риск смерти от вируса после прививки падает на 97,5%. То есть в 40 раз. Если вероятность смерти упадет только в десять раз, число умерших от коронавируса среди привитых вырастет вчетверо, а это недопустимо. Pfizer и Moderna модифицируют свои вакцины быстро — примерно за 100 дней. Две недели уйдет на модификации мРНК, еще несколько недель — на доклинические испытания на животных, еще несколько — на первую и вторую фазы на людях. Третьей фазы — подсчета эффективности вакцинной защиты — скорее всего, ждать никто не будет, ведь ситуация экстренная, а вакцинные платформы эти проверены на прошлых штаммах. Эффективность же измерят позже, после массового прививания обновленными препаратами. Намного сложнее ситуация со «Спутником». Сделать вариант под новый штамм технически займет столько же времени, сколько у западных мРНК-вакцин. Логунов еще в 2020 году отметил, что для серьезной модификации аденовирусной платформы хватаетдвух недель. Именно так, собственно, в феврале-марте 2020-го сделали «Спутник», модифицировав вакцину, созданную для защиты от прежнего коронавируса MERS. 
Разработчики во главе с Логуновым вполне могут сделать эффективную вакцину против нового штамма за пару недель. Но вот клинические испытания на людях займут время. Напомним: с базовым коронавирусом разработчики привили сами себя еще весной 2020 года, а официально третья фаза клинических испытаний на людях началась лишь осенью 2020 года / ©Семен Кац, «Медуза» Более того: согласно Александру Гинцбургу, глава НИЦ имени Гамалеи, сама модификация вакцины «Спутник» против омикрон-штамма уже сделана. Для этого даже не нужно было получать образец нового коронавируса: достаточно было иметь данные прочтения его РНК, полученные из Южной Африки. Но если со стороны разработки в России все хорошо, то со стороны регуляторных агентств все плохо. Александр Гинцбург уже упоминал, что «Спутник», специализированный под дельта-штамм, там сделали быстро — но его пришлось положить в холодильник. Минздрав не допустил бы новую вакцину без полных трех фаз клинических испытаний. Аналогичная проблема возникла и с назальным «Спутником» (впрыскиваемым в нос): по составу он ничем не отличается от обычного, но Минздрав почему-то опять захотел его испытывать отдельно. Деньги на клинические испытания в нашей стране дают трудно: не привыкли. Со «Спутником» клинические испытания назальной вакцины вообще начали только после того, как президент страны выразил желание участвовать в таком клиническом испытании. Нет сомнений: деньги на клинические испытания под «омикрон» тоже дадут со скрипом. Если это случится не сразу, то через сто дней никакого нового «Спутника» мы не увидим. Наиболее вероятный сценарий: ждать его нам придется как минимум до конца февраля2022 года. Учитывая, что пик зимней вспышки омикрон-штамма в России должен прийтись на январь-февраль, получается, что новая вакцина неизбежно опоздает. До тех пор, все, что можно сделать — проходить ревакцинацию не реже, чем раз в полгода. Никаких других реалистичных путей серьезно защититься от нового штамма нет. Причем и после такой ревакцинации защищены вы будете, скорее всего, не от заражения новым штаммом, а лишь от тяжелого и летального течения болезни. Но это хоть какая-то реальная защита. Судя по катастрофической скорости его распространения в ЮАР и по всему миру — социальное дистанцирование (и все остальное) тут помогает весьма умеренно. С «омикроном» ваши шансы попасть в госпиталь растут Хотя с наукой в ЮАР, после 1990-х, не очень хорошо, но кое-какая статистика ведется даже там. И она впечатляет: за последний месяц число госпитализаций с коронавирусом на душу населения выросло в восемь раз. Восемь. Не на 8%, а на 700%. На эту цифру каждому из нас стоит посмотреть очень внимательно. 
Южная Африка, медперсонала перемещает коронавирусного пациента / ©Phill Magakoe/AFP/Getty Судя по динамике распространения «омикрона», уже в первой половине января 2022 года он должен дать в России достаточно мощную вспышку. Начиная, как обычно, с Москвы. Однако во многих регионах страны больничные койки ковидариев заполнены куда больше, чем на одну восьмую. Рост числа госпитализаций до восьми раз, который этой зимой может случиться и у нас, способен существенно перегрузить систему здравоохранения. И без того, надо признать, довольно измотанную более чем полутора годами эпидемии. Чем закончится такое попадание — ИВЛ или нет, смертью или жизнью — сказать сейчас сложно. ЮАР в целом (как страна) не предоставляет данных о числе людей на ИВЛ, а их сведения о вероятности умереть от ковида настолько же никуда не годятся, как и данные российского Опершатаба. И те, и другие с реальностью не слишком коррелируют (и неизвестно, до какой степени не коррелируют). 
Госпитализации в Южной Африке в ноябре и начале декабря 2021 года резко выросли. По времени это совпадает с распространением там омикрон-штамма / ©OurWorldInData Зато у нас есть статистика из южноафриканской провинции Гаутенг, где впервые зарегистрирован новый штамм. За последние три недели, по которым есть данные, число госпитализированных там выросло в 14 раз, и рост продолжается: на этой неделе госпитализируют по 300-400 человек в сутки. Число людей в реанимации за неделю выросло почти втрое, на ИВЛ — примерно вдвое. Растет и коронавирусная смертность: за последнюю неделю, по которой есть данные, она увеличилась на 72%. Абсолютные цифры выглядят небольшими: 43 смерти в неделю, примерно один умерший на два миллиона человек в сутки. Но, как мы уже отмечали, статистику коронавирусной смертности в ЮАР полной никак не назовешь. Поэтому важно смотреть не на абсолютные цифры, а на динамику их роста. И она пока очень тревожная. …Но мы не уверены, что «омикрон» заборет убийственную «дельту» Одно из самых больших ожиданий от омикрон-штамма: он вытеснит «дельту», как сделал это в ЮАР. Увы, это хотя и вероятно, но далеко не факт. Проблема в том, что «омикрон» может распространяться лучше «дельты» среди переболевших и вакцинированных, которых в ЮАР больше 80%. Но мы ничего не знаем о том, распространяется ли он лучше «дельты» среди непривитых. В эпидемиологии кроме R0 — числа людей, заражаемых вирусоносителем в «свободных» условиях — есть еще Rt и другие «R». Они отражают то, сколько заражает один носитель вируса в нетипичных условиях передачи. Например, среди привитых или переболевших. И совершенно не факт, что R0 и Rt у разных штаммов будут всегда соотноситься в одной пропорции. 
Йоханнесбург, провинция Гаутенг, ЮАР. Рабочий, обеспечивающий похороны коронавирусных больных, несет специальное приспособление для относительно бесконтактного опускания гроба в могилу / ©Reuters В этом случае возможен самый неприятный (хотя и маловероятный) вариант развития событий: циркулирование и «дельты», и «омикрона». Первая в теории способна выжить в «резервациях» типа ранее не болевших и не прививавшихся людей. Или, как вариант, организмах оленей и котов. А в это время «омикрон» будет вновь и вновь заражать ранее болевших «дельтой». Нечто подобное с вирусными заболеваниями уже случалось. В XX веке одновременно существовала Variola mayor и Variola minor, два варианта оспы. От одной невакцинированные умирали в 30% случаев, а от другой — в 1% случаев, как от коронавируса. Эпидемии то одного, то другого штамма сменяли друг друга — и ни один из них не показывал никакой тенденции к исчезновению. Вместо борьбы друг с другом эти вирусы скорее разделили сферы влияния, и не более того. И пока мы никак не можем исключить, что «омикрон» и «дельта» не заключат свой пакт о ненападении — ничуть не хуже оспенного.
